Основные направления научных исследований

1. Разработка теории эволюции, функционирования, устойчивости и восстановления озер в различных географических зонах.
2. Разработка теории эвтрофирования внутренних водоемов и научного прогноза сдерживания этого процесса с учетом природно-климатических и антропогенных факторов.
3. Разработка теории переноса и трансформации веществ и энергии в системе «водосбор-водоем».
4. Изучение истории происхождения и развития озер (палеолимнологические исследования). Оценка ископаемых природных ресурсов озерного происхождения.
5. Оценка природно-ресурсного потенциала озерного фонда России и прогноз тенденций его изменения с учетом социально-экономического развития регионов.
6. Разработка фундаментальных научных основ охраны и рационального использования природных ресурсов озер.
7. Комплексное изучение Ладожского озера - крупнейшего озера Европы и основного источника водоснабжения Санкт-Петербурга с целью оценки состояния его природных ресурсов, прогноз изменений экосистемы, определения путей ее сохранения и улучшения качества воды.

Участие в выполнении федеральных и региональных целевых программ научных исследований:

Федеральная целевая программа «Государственная поддержка интеграции высшего образования и фундаментальной науки» («Интеграция»). Конкурсы Министерства промышленности, науки и технологий РФ:

1. Проект Б 0026/1622 «Оценка антропогенных изменений характеристик поверхностных водных ресурсов бассейна Финского залива и Ладожского озера с использованием ГИС-ориентированных динамических моделей» совместно с «УНЦ «Санкт-Петербургский академический университет)» и Российским государственным гидрометеорологическим университетом). 2004 г.
2. Проект Э 3250/2126 «Комплексные исследования цианобактериальных «цветений» воды в водоемах региона Ладожского озера» совместно с Кафедрой микробиологии биологического факультета СПбГУ. 2004 г.

Федеральная целевая программа «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014-2020 годы, раздел «Развитие водохозяйственного комплекса Российской Федерации в 2012-2020 годах»:

1. Проект № 20/12-200 «Исследование и расчет биогенной нагрузки, поступающей с территории Российской Федерации, на Балтийское море», 2012-2013 гг.:
   - Заказчик: НЛВБУ ФА ВР Минприроды РФ.
2. Проект № 23/12-200 «Разработка рекомендаций и мероприятий по уменьшению влияния диффузного загрязнения на трофическое состояние Чудско-Псковского озера», 2012-2013 гг.
   - Заказчик: НЛВБУ ФА ВР Минприроды РФ.
3. Проект 12фцп-Н9-01 «Совершенствование мониторинга состояния экосистемы и качества вод Ладожского озера и р. Невы», 2012-2013 гг.
   - Заказчик: ФГБУ «Центр развития ВХК» ФА ВР Минприроды РФ.
4. Проект 12фцп-Н9-02 «Оценка современного состояния и прогноз тенденций изменения экосистемы Ладожского озера и р. Нева»:, 2012-2014 гг.
   - Заказчик: ФГБУ «Центр развития ВХК» ФА ВР Минприроды РФ.
5. Проект № 36/14 «Оценка состояния трансграничных водных объектов – озёр Синьша и Платично бассейна реки Западная Двина на территории Псковской области и разработка научно обоснованных рекомендаций и мероприятий по улучшению качества вод (в рамках выполнения решений Совместной Российско-Белорусской комиссии)», 2014-2015 гг.
   - Заказчик: НЛВБУ ФА ВР Минприроды РФ.
6. Проект «Оценка диффузной биогенной нагрузки на Онежское озеро и разработка научно обоснованных предложений по её снижению», 2015 г.
   - Заказчик: ФГБУ «Центр развития ВХК» ФА ВР Минприроды РФ.
7. Проект «Научно-обоснованные предложения по установлению биогенной нагрузки на Финский залив со стороны России и определение соответствия нагрузки требованиям Копенгагенской Министерской Декларации XEЛKOM (2013)», 2015 г.
   - Заказчик: ФГБУ «Центр развития ВХК» ФА ВР Минприроды РФ.
8. Проект «Научно-обоснованные предложения по распределению величины трансграничной нагрузки с территории Калининградской области на юго-восточную часть Балтийского моря между Российской Федерацией и сопредельными государствами – Литва, Польша, Белоруссия», 2016 г.
   - Заказчик: ФГБУ «Центр развития ВХК» ФА ВР Минприроды РФ.

Научные исследования носят комплексный характер: теоретические, экспериментальные (лабораторные и полевые), методические исследования и региональные научно-исследовательские работы по изучению пространственно-временных закономерностей функционирования озерных экосистем и эволюции их под влиянием природных и антропогенных факторов.

В Институте успешно развиваются методы математического моделирования для прогностических оценок влияния антропогенных факторов, глобальных и региональных климатических изменений на водный режим озер, для описания процессов, осуществляющих связь озер и их водосборных территорий, для описания отдельных процессов, определяющих функционирование озерных экосистем. Модели различаются по степени сложности и детальности описания процессов и предназначены для использования на объектах различных масштабов, расположенных в разных физико-географических условиях и имеющих различную степень изученности.